كشفت التنقيبات في المنطقة عن بعض فترات الإستطيان الإسلامية المبكرة فوق أنقاض الإستيطان الروماني. حيث كشف عن جزء من الزاوية الشمالية الشرقية من المسجد. ولم يكن معروف تماماً في هذه الفترة ماهية الجزء المعماري المكتشف في التنقيبات، سوى كونه جزء من مبنى يعود للفترة الإسلامية المبكرة. وفي صيف عام 2002 م ، أجرت جامعة كوبنهاغن الدنماركية وبالتعاون مع دائرة الآثار العامة تنقيبات الأثرية في المنطقة التي كان يعتقد الكثيرون بأنها تحتضن مسجد المسلمين الجامع في مدينة جرش فأكدت الحفريات وجود مسجد في هذه المنطقة، فتركزت الحفريات على تحديد وتسجيل الملامح المعمارية وأساسات المسجد المتبقية، من أروقة وجدار القبلة وصحن، وقاعة الصلاة، والمحراب. تم الكشف أيضاً عن احتواء المسجد على محرابين، عكس ما كان متوقعاً بالعثور على محراب واحد فقط. ليتم الكشف فيما بعد عن محراب ثالث في جدار القبلة.