تقع الخربة في بلدة الفحيص وسط أحراش على ربوة مطلة على سائر محيطها، وتعتبر من المواقع النادرة التي ما تزال آثارها المعمارية متكاملة نسبياً وذلك بسبب بعدها عن النشاط العمراني الكثيف وخدمات البنية التحتية التي تؤثر على سلامة الآثار بشكل عام. تحتوي على برج دائرة يشابه الأبراج العمونية. أعيد استخدامه في الفترات اللاحقة كدير وكمنطقة مراقبة وتحصين عسكري في الفترة الأيوبية وكبرج للحمام الزاجل.
بدأت الدراسات ومواسم التنقيب العملي لخربة الدير في عام 2002، وتبين أن أهم ما يميز خربة الدير هو ذلك البرج الدائري الضخم المبني من الحجارة البيضاء الكبيرة والذي يتربع على ربوة عالية تشرف على جميع السهول والجبال المحيطة بالموقع.
كما تدل الشواهد الأثرية على أن البرج استخدم ككنيسة وكذلك محطة للبريد الزاجل في العصر الأيوبي المملوكي، حيث عثر على مجموعة كبيرة من الفخار الأيوبي والمملوكي وعلى مبخرة من البرونز وعلى نقوش لصلبان مختلفة الأشكال وبعض قطع العملة التي ترجع لهاتين الفترتين.
كما تم الكشف عن العديد من الغرف والأقبية وعناصر الأنظمة المائية من الآبار والخزانات، حيث عثر على العديد من الخزانات وصل عددها الى اكثر من عشرين بئراً. بعضها محفور في الصخر وبعضها مبني من الحجارة وبعضها مزيج من الحفر والبناء.
ويدل ذلك على أن الموقع كان يعتمد على مياه الأمطار لتأمين الاحتياجات.