يقع المغطس على الضفة الشرقية من نهر الأردن، وعلى بعد 9 كيلو مترات شمال البحر الميت و10 كيلومترات في الجهة الجنوبية الشرقية من مدينة أريحا بالقرب من الطريق القديم بين شرق الأردن ومدينة القدس، والذي يمتد على مساحة تبلغ 5.3 كيلو متر مربع، وكان يستخدم مصطلح المغطس قديماً على المنطقة الممتدة على ضفتي هذا النهر، لهذا تم تسميته بهذا الاسم.

تميز المغطس بمنطقتيْن متميزتيْن هما:

• المنطقة الأولى هي تل الخرار والمُسمى بتل إيليا والذي تتواجد على تلته بقايا الدير
• المنطقة الثانية هي منطقة زور؛ وهي المنطقة القريبة من النهر والواقعة جهة الشرق.

على بعد 2 كيلومتر يوجد في هذه المنطقة كنيسة القديس يوحنا المعمدان القديمة كما أنها تحتوي على بقايا الكنائس والبرك المعمودية و مساكن الحجاج. ويتميز المكان بآثار تعود إلى العصور الرومانية والبيزنطية، كالكنائس والمعابد الصغيرة والأديرة، والكهوف التي كانت تُستخدم كملاجئ للنساك، فضلاً عن البرك المائية المخصصة للتعميد، مما يدل على القيمة الدينية لهذا المكان.

حيث يشير الكتاب المقدس إلى أن المغطس هو المكان الذي أتى إليه المسيح إلى القديس يوحنا ليعمده، ومن هذا المكان بدأ خدمته الدينية وجمع تلاميذه الأوائل منهم أندرو وبيتر وفيليب، ولا تزال الجدران القديمة التي يعود تاريخها إلى القرن الأول ميلادي والمحفور عليها الصُلبان من قبل الحجاج الأوائل الذين وقفوا في هذا المكان أثناء طريقهم من القدس إلى جبل نيبو، وكان هذا المكان على مر القرون موقع للمعمودية الواقع أسفل الدرجات الرخامية المؤدية إلى النبع بالقرب من كنيسة القديس يوحنا المعمدان، وأكد ذلك كلاً من الرهبان والقديسين، ولذلك يفضل الحجاج المسحيين والسياح التجمع على ضفاف نهر الأردن في الوقت الحالي.

وافقت لجنة التراث العالمي التابعة لليونسكو في الثالث من تموز (يوليو) 2015 على إدراج هذا الموقع الثقافي على قائمة التراث العالمي تحت مسمى موقع المعمودية بيت عنيا عبر الأردن.